Los orígenes de la villa de Yeste nos son desconocidos, fechándose en el año 1.243 la primera referencia documental que poseemos sobre ella. Nada conocemos de su pasado islámico , debiendo de ser por entonces una pequeña población dependiente sucesivamente de Taibilla, de Socovos y de Segura desde el siglo XI al XIII.
La villa de Yeste fue conquistada por las tropas castellanas en los primeros meses de 1.242, siendo concedida aquel mismo año por el infante D. Alfonso (futuro Alfonso X El sabio) a la Orden de Santiago, como una aldea englobada en el termino de Segura de la Sierra. Años más tarde, le fue concedida el privilegio de Villazgo y fue convertida en encomienda y Vicaria de la Orden, siendo centro político y religioso de una amplia comarca a la que pertenecían las poblaciones vecinas de Nerpio, Taibilla, Letur, Lietor, Férez y Socovos.
Integrada hasta el siglo XIX en el reino de Murcia, su principal misión en la época bajomedieval fue la de mantener la defensa de la frontera con Granada y colaborar en la conquista de nuevas tierra; en este sentido sus habitantes participaron en multitud de hechos militares, entre los que destaca la conquista de Huescar en 1.434 capitaneados por el comendador de Segura de la sierra, D. Rodrigo Manrique, cuyas gestas y heroicidades ha quedado resaltadas en las crónicas de aquel periodo.
Para facilitar el aumento de la población y la consiguiente defensa de la frontera la villa fue dotada por los reyes y por los maestre de la orden con privilegios y exenciones de tributos que la convirtieron en un centro de atracción de pobladores y familias que buscaron los beneficios fiscales para establecerse en ellas. Esta situación favoreció su desarrollo demográfico y se mantuvo hasta los primeros años del siglo XVI, cuando los Reyes Católicos decidieron suprimir gran parte de estos privilegios, no sin graves enfrentamientos con sus habitantes, que llevaron en 1.503 a un levantamiento general de la población contra la monarquía castellana reprimido militarmente.
A pesar de ello, Yeste había conseguido formar durante los siglos bajomedievales un extenso termino casi despoblado que abarcaba también a las actuales tierras de Nerpio. La puesta en cultivo de amplias superficies en Vizcable Taibilla, Moropeche, Aarguellite, Gontar, La Graya, Tinjarra, Jartos y otras zonas, además de la utilización de los pastos y montes para la ganadería, fueron la base del desarrollo demográfico experimentado por la villa durante el siglo XVI, que le permitió pasar de los 1.300 habitantes que aproximadamente tenia en 1.468, a los 5.000 que vivían en ella en el año 1.575. Este fuerte incremento demográfico fue acompañado de un gran desarrollo económico, con un aumento de la producción agraria y de las rentas. Es por ello el periodo de la construcción de los principales monumentos que aun hoy existen en la villa y de muchas de sus mejores obras artísticas.